V podstatě se jedná o nejdůležitější prvek ve skladbách systémů pro zelené střechy. Kvalita substrátu a jeho složení má značný vliv na rychlost zakoření rostlin a jak se jim bude v prvních letech dařit. Dělíme je velmi zjednodušeně na substráty pro extenzivní a intenzivní střechy.